La Révolution française entraîna la dissolution de la communauté des dominicaines d’Unterlinden. En 1793, les religieuses quittent le couvent, devenu propriété de la Ville de Colmar. Les bâtiments conventuels furent transformés en caserne et sont peu à peu laissés à l’abandon jusqu’au milieu du 19e siècle. Louis Hugot, archiviste de la Ville de Colmar, sauve le couvent de la démolition en le transformant en musée.